داستان Assassin’s Creed Shadows با درون‌مایه‌هایی چون خشونت، کشتار، انتقام، بخشش و در نهایت رستگاری برخی شخصیت‌ها و مرگ شرافتمندانه یا تحقیرآمیز دیگران، روایت می‌شود. یوبی‌سافت با دست گذاشتن روی تاریخ ژاپن، گنجینه‌ای ارزشمند از ریشه‌های تاریخی این سرزمین را بیرون کشیده و روایتی شگفت‌انگیز را همراه با شخصیت‌پردازی‌های عمیق و قابل لمس خلق کرده است. دیالوگ‌ها هنوز هم نقش پررنگی در داستان‌ بازی ایفا می‌کنند، به‌ویژه در داستان‌های فرعی که از موضوعاتی مانند بخشش جان یک فرد تا قطع سر دیگری را در بر می‌گیرند